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就京津冀而言,从基础研究到产业化的中间环节仍然薄弱,原始创新优势向产业竞争优势转化不足,京津冀协同创新的制度成本仍然较高,尚未形成高度一体化的创新共同体。就长三角而言,在基础理论突破、颠覆性技术策源方面还存在短板,对全球科技前沿的引领能力有待增强,区域内部创新分工还不够清晰,在创新链关键环节的分工协作和资源整合上仍有提升空间。就粤港澳大湾区而言,基础研究和原始创新能力相对薄弱,科研投入的长期性和稳定性有欠缺,高端原始创新成果供给的持续性有待增强。“一个国家、两种制度、三个关税区、三种货币”的特殊条件,使其在法律体系、科研资助、税收政策、人才管理等方面存在制度差异,客观上影响了区域整体创新效率和协同深度。